Anul 1999 a adus România în atenția lumii prin două evenimente cu impact profund: vizita Papei Ioan Paul al II-lea la București, prima a unui suveran pontif într-o țară cu populație majoritar ortodoxă, și ultima mare Mineriadă din perioada postcomunistă. Ambele au marcat puternic societatea românească și au fost relatate în timp real de agenția MEDIAFAX, al cărei rol de furnizor de informație pentru presa vremii s-a consolidat în acel an.
Vizita Papei Ioan Paul al II-lea a avut loc între 7 și 9 mai 1999, exclusiv la București, la invitația președintelui Emil Constantinescu și cu acordul Patriarhului Teoctist și al Sfântului Sinod al Bisericii Ortodoxe Române. Suveranul Pontif a fost primit de autoritățile române și s-a întâlnit cu reprezentanții Bisericii Ortodoxe, inclusiv cu Patriarhul Teoctist. Întâlnirea de la Patriarhie a transmis un mesaj de apropiere între cele două Biserici, iar evenimentul a depășit granițele religioase, devenind un simbol al dialogului Est-Vest. Programul vizitei a fost anunțat printr-un comunicat remis agenției MEDIAFAX, semnat de Președinție, Guvern și Patriarhie, și preluat de presa vremii. În ziua sosirii, publicația Cronica Română a preluat mesajul Papei pentru poporul român, transmis tot prin MEDIAFAX. După încheierea vizitei, presa a continuat să reflecteze asupra ecoului acesteia. Pe 10 mai 1999, Cuvântul Libertății a publicat o sinteză a vizitei bazată pe informațiile furnizate de agenție, iar pe 14 mai, Evenimentul Zilei relata declarațiile Papei făcute la Roma, în Piața San Pietro, după revenirea din România. Suveranul Pontif a descris vizita ca având «o dimensiune istorică» și a vorbit despre «bogăția de a respira în calitate de creștin cu ambii ≪plămâni≫ ai credinței». Pentru România acelui an, vizita a reprezentat un semnal al repoziționării țării într-un spațiu european în care dimensiunea religioasă și apropierea de Occident căpătau tot mai multă greutate.
Tot în 1999, România s-a confruntat cu ultima mare Mineriadă din tranziția postcomunistă. Conflictul a izbucnit în ianuarie, în Valea Jiului, pe fondul problemelor din industria minieră. Guvernul condus de Radu Vasile încerca să reducă pierderile și subvențiile acordate minelor, iar minerii se temeau de închiderea unor exploatări și de pierderea locurilor de muncă. În primele zile ale anului, minerii conduși de Miron Cozma au declanșat greva generală și au început să se deplaseze spre București. MEDIAFAX a relatat în timp real evoluția protestelor, iar publicația Renașterea Bănățeană a preluat informațiile agenției în ediția din 5 ianuarie 1999 pentru a relata despre declanșarea grevei. Tensiunile au escaladat, iar pe 15 ianuarie corespondenții MEDIAFAX anunțau că minerii care plecaseră spre Capitală s-au întors la Petroșani după ce au fost opriți de forțele de ordine. Adevărul și Gazeta de Nord-Vest au relatat atunci că minerii, deplasându-se cu opt autobuze, au fost blocați la primul baraj al forțelor de ordine și s-au întors la Petroșani. Pentru detensionarea situației, premierul Radu Vasile a ales negocierea directă cu Miron Cozma la Mănăstirea Cozia. Discuțiile dintre cei doi au dus la ceea ce avea să fie numit «Pacea de la Cozia», iar minerii s-au întors în Valea Jiului. În acele zile, MEDIAFAX a publicat și date despre reacția bucureștenilor la posibilitatea ca minerii să ajungă în Capitală.
Anul 1999 a fost unul al contrastelor pentru România: pe de o parte, țara încerca să își consolideze orientarea europeană și relațiile cu Occidentul, iar vizita Papei a întărit această direcție; pe de altă parte, problemele economice și sociale ale tranziției continuau să provoace tensiuni, iar Valea Jiului redevenea centrul unei confruntări între mineri și autorități. În același an, eclipsa totală de Soare din 11 august a adus în România astronomi, cercetători, jurnaliști și turiști din mai multe țări, un alt moment care a pus țara pe harta evenimentelor internaționale. Pentru MEDIAFAX, toate aceste evenimente au însemnat nu doar relatări despre momente majore, ci și confirmarea rolului agenției ca sursă de informație pentru presa românească. Ziarele vremii au preluat știri, comunicate, declarații și materiale documentare furnizate de agenție, menționând uneori explicit sursa. La 35 de ani de la înființare, MEDIAFAX rămâne parte din istoria postdecembristă a României, acolo unde s-au întâmplat lucrurile importante.
1